克罗恩病的并发症有：
1. 肠管狭窄并梗阻
克罗恩因为病变可以累及肠壁全层，所以容易导致肠腔狭窄，狭窄得厉害就会导致肠梗阻，表现为腹痛、腹胀。当进食后（尤其是饱餐后）腹胀腹痛更为明显，在排气排便后腹痛可有减轻，但是当病变的厉害时，排气排便停止了，就需要怀疑并发肠梗阻了。
2. 肠穿孔
肠穿孔可以分为急性肠穿孔和慢性肠穿孔。急性肠穿孔表现为突然发生的腹部剧烈疼痛，按压腹部时整个腹部均有压痛，如果出现这种情况，就要考虑急性肠穿孔。慢性肠穿孔就是肠道穿孔至邻近的组织或器官（如邻近的肠段、膀胱、子宫和阴道等）形成内瘘：如果穿孔到子宫或阴道，则会形成肠道子宫阴道瘘，表现为阴道内流出大便样物；如果穿孔到膀胱，则会形成肠道膀胱瘘，表现为排尿时小便内混有大便样的东西；如果穿孔到胃形成内瘘，则呕吐时会呕出大便样物等。
3. 腹腔脓肿
肠道溃疡较深可导致肠瘘，位置可在病变肠管的附近，也可以远离病变的肠管处（如腹壁、腹腔内、肠系膜、肝及髂腰肌等）形成脓肿。触摸腹部，表现为局部压痛明显，并且能触及包块。如果发生上述情况，则需要怀疑腹腔脓肿的形成。
4. 肛裂、肛瘘和肛周脓肿
如果出现肛周疼痛以及便后解鲜血（部分可伴有脓液流出），厉害时肛周有一脓包样肿块等情况，则需要怀疑合并肛裂、肛瘘和肛周脓肿，应至肛肠外科就诊。
5. 消化道出血
克罗恩病可以发生在消化道的任何一段，包括食管、胃、小肠和大肠。如果病变刚好累及到一根血管，则会出血：如果病变发生在食管和胃，则可表现为吐血；如果累及直肠，则会解鲜红色的血便。出血量与所累及的血管的粗细和血管的压力有关，血管越粗（尤其是动脉），出血量越大，甚至还会出现晕厥。如果哪天自己发现大便变黑或者呈暗红色，或者吐血了，就要考虑可能并发了消化道出血。
6. 癌变
如果病变累及到直肠或者结肠，尤其是肠道狭窄处或者肠瘘的部位，如果长时间不愈合就有发生癌变的可能，但几率不大。在原有疾病药物控制良好的情况下，如果突发便血加剧，伴有体重进行性下降（体重越来越轻），则需要复查肠镜排除癌变。
7. 肠外并发症
30%的克罗恩病患者会伴有一下几种肠外并发症（国外数据）。①血液疾病：发生率为17%，包括缺铁性贫血、巨幼细胞性贫血等，表现为面色苍白、头晕、乏力，伴胸闷、奇迹等，如果出现上述症状，需怀疑并发贫血，应到医院就诊。②皮肤病变：发生率为12%，包括口疮样溃疡、坏疽性脓皮病及结节性红斑等。③肝胆管胰腺系统疾病：发生率为6.5%，如脂肪肝、胆石症、硬化性胆管炎、胰腺炎、原发性胆汁性肝硬化及自身免疫性胰腺炎等。④关节病变：发生率为5.1%，包括末梢性关节炎、强制性脊柱炎及骶髂关节炎。
