肛瘘是肛门直肠瘘的简称，简单来说，它是肛管与皮肤间的异常通道。据调查，20%的克罗恩病患者并发肛瘘，其中30%的患者会反复发作。克罗恩病诊断1年时，肛瘘的发生率为12%，当诊断时间达20年时，其发生率翻倍。约10%的患者以肛瘘为首发表现，甚至早发于肠道症状数年。
【治疗目标】
短期目标是脓肿引流及缓解症状。
长期目标是瘘管愈合、提高生活质量、避免直肠切除术等。
1）药物治疗
简单、表浅的肛瘘经瘘管切开以及抗生素治疗后可以痊愈。
研究发现：
甲硝唑、环丙沙星等抗生素有助于改善症状、促进愈合。
巯嘌呤类药物对肛瘘的效果一般，甲氨蝶呤和环孢素相关研究有限，他克莫司对于活动性肛瘘有效，但需对药物浓度进行检测，以控制其毒性作用。
糖皮质激素及对氨基水杨酸制剂对肛瘘的作用并不显著，且糖皮质激素治疗可能加重瘘管情况、增加手术可能性。
英夫利昔单抗和阿达木单抗对肛瘘愈合的疗效中等，抗 TNF 与巯基嘌呤相结合的治疗方法较单种治疗方法效果更佳。
2）外科处理
【脓肿引流】：在开始药物治疗时通常推荐肛周脓肿手术引流。
【挂线】：挂线对预防脓肿形成及复发有效。松挂线能够保持窦道开放，限制脓肿反复发生，而切割挂线由于其后可能形成疤痕，有发生大便失禁的风险。挂线的一个缺点是，瘘管因挂线的存在而无法闭合，挂线移除的最佳时间目前仍不明确。
【瘘管切开术】
瘘管切开术对于有症状的、表浅的瘘管，或者低位括约肌间型瘘管来说，是一种防止大便失禁发生的可考虑的治疗方式。而高位经括约肌型瘘管、括约肌上瘘管及括约肌外型瘘管行瘘管切开术的效果不佳。
【手术修复】肛瘘的手术修复包括瘘管切开术、皮瓣移行治疗、生物补片及括约肌间型瘘管结扎及纤维蛋白胶注射治疗等，只有当肠腔无炎症时才予以考虑。直肠切除及永久造口术是严重、复杂、难治性肛瘘治疗的最后手段。
克罗恩肛瘘位置高，瘘管多条且内口多个，容易迁延不愈，表现较普通肛瘘复杂。
