临床症状：
1.腹痛：多位于右下腹或脐周，间歇发作，排便或肛门排气后可缓解；
2.大便习惯改变：溃疡性肠结核常伴腹泻，粪便呈糊样，多无脓血，不伴里急后重。有时腹泻与便秘交替。增生型则多以便秘为主。
3.腹部肿块：多于右下腹，多见于增生型肠结核。
4.全身症状和肠外结核表现，为长期不规则低热、盗汗、消瘦、贫血和乏力。
内镜下表现：
回盲部等处黏膜充血、水肿、溃疡形成，大小及形态各异的炎症息肉，肠腔变窄等。
诊断：
符合以下任何一项标准即可确诊:
①肠壁或肠系膜淋巴结找到干酪样坏死性肉芽肿；
②病变组织病理检查找到结核杆菌；
③病变处取材培养结核杆菌阳性；
④病变处取材动物接种有结核改变。
一般病例根据临床症状、体征以及 X 线检查有典型结核改变、肠外找到结核灶和抗结核试验治疗6周病情有改善，便可作出临床诊断。
共同的临床症状：腹痛、大便改变、腹部包块、发热，肠结核也可引起与克罗恩病相同的并发症，如肠梗阻等。
相似的影像学表现：钡剂造影检查中二者的表现有许多相似之处 , 如阿弗他溃疡、卵石征、 跳跃征、黏膜增厚、肠袢分离、瘘管和窦道形成等。
相仿的好发位置：肠结核和克罗恩病好发部位相似 , 60%-70%累及回盲部 , 50%累及横结肠 和远端结肠。
相若的病理表现：如肠壁的慢性非特异性炎症、肉芽肿、溃疡和节段性病变等。
回结肠型CD与肠结核的鉴别常会相当困难，因为除活检发现干酪样坏死性肉芽肿为肠结核诊断的特异性指标外，两病在临床表现、结肠镜下所见及活检所见常无特征性区别，然干酪样坏死性肉芽肿在活检中的检出率却很低。因此强调，在活检未见干酪样坏死性肉芽肿情况下，鉴别依靠对临床表现、结肠镜下所见及活检进行综合分析。
鉴别仍有困难者，则予诊断性抗结核治疗，治疗数周内（2～4周）症状明显改善，并于2～3个月后肠镜复查病变痊愈或明显好转，支持肠结核，可继续完成正规抗结核疗程。有手术指征者行手术探查，绝大多数肠结核可在病变肠段或(及)肠系膜淋巴结病理组织学检查中发现干酪样坏死性肉芽肿而获病理确诊。
